怪盜基德的預告信出現在了北海道函館，斧江財閥的收藏庫中。這次基德將要盜走的是，江戸幕府時期新選組副長土方歲三的日本刀。向來追逐奢華寶石的怪盜基德，居然會看上刀？此時，被稱作西部名偵探的服部平次和柯南一行人，也因為劍道大會來到了函館，在基德執行預告的當日，平次看穿了基德的偽裝並對其窮追不舍！同一時間，一具屍體在函館倉庫街被發現，屍體的胸口有一個十字傷口。搜查中，出現了一位被叫做“死之商人”的活躍於亞洲一帶的美籍日裔軍火商。這個人一直在尋找斧江家初代家主藏在函館的寶藏。斧江家江戸幕府戰爭時代深耕軍需產業，傳說那寶藏是能扭轉幕末紛爭的強力武器，而這寶藏似乎和基德追逐欲盜取的刀有著千絲萬縷的聯係。在基德瞄準刀的同時，有一位劍士也在向基德逼近……